Fatih Sultan Mehmed in topçubaşısı Bala Süleyman Ağa tarafından, Bala Camii ve onun yanında dergah inşa ettrilmiştir. Hicri 1279-1280 senelerinde Şeyh Ali Efendi namında bir zat Sultan Abdülaziz den aldığı müsaade ve Adile Sultan tarafından verilen para ile bugünkü okul binası yerinde Bala Dergahı yeniden onarılarak kullanılır hale getirilmiştir.

Hicri 1310 depreminde yıkılan ve 1313 yılında tamir edilen bu bina tekke ve zaviyelerin kapatıldığı 1925 tarihine kadar dergah olarak kullanılmıştır.

1926-1927 ders yılı başında Topçubaşı İlkokulu binasındaki üç dershaneli Perestu Kadıefendi Mektebi boşaltılmış ve dört dershaneli olarak Bala Dergahı nın okula tahsis edilen bir kısmında "Bala Mektebi" olarak eğitim öğretime açılmıştır.

1928 yılında alınan bir kararla binanın diğer yarısı da okula devredilerek genişletilmiş; sırasıyla 21.İlkokul ve sonra da Silivrikapı İlkokulu adını almıştır.

1998 yılında Silivrikapı İlköğretim Okulu olarak eğitime devam etmiş, 2012 yılından sonra da yalnızca anaokulu olarak eğitim öğretime devam etmiştir.

1453 İstanbul fethinin hemen sonrası dikkate alındığında bina 500küsür senelik bir tarihe ve 1926 kuruluş yılı itibariyle 84 yıllık köklü bir geçmişe sahiptir.

Tekkenin kütüphanesine aiit kitaplar günümüzde Süleymaniye Kütüphanesinde saklanmaktadır.